आणविक बीम एपिटेक्सी उच्च भ्याकुम वा अल्ट्रा-उच्च भ्याकुम (1 x 10) मा गरिन्छ।^-8पा) वातावरण।आणविक बीम एपिटेक्सीको सबैभन्दा महत्त्वपूर्ण पक्ष यसको कम जम्मा दर हो, जसले सामान्यतया फिल्मलाई 3000 एनएम प्रति घण्टा भन्दा कमको दरमा एपिटेक्सियल बढ्न अनुमति दिन्छ।यस्तो कम डिपोजिसन दरलाई अन्य डिपोजिसन विधिहरू जस्तै सरसफाइको समान स्तर प्राप्त गर्न पर्याप्त उच्च वैक्यूम चाहिन्छ।

माथि वर्णन गरिएको अल्ट्रा-उच्च भ्याकुम पूरा गर्नको लागि, MBE यन्त्र (Knudsen cell) मा शीतल तह हुन्छ, र विकास कक्षको अल्ट्रा-उच्च भ्याकुम वातावरणलाई तरल नाइट्रोजन परिसंचरण प्रणाली प्रयोग गरेर कायम राख्नुपर्छ।तरल नाइट्रोजनले यन्त्रको आन्तरिक तापक्रमलाई ७७ केल्भिन (−१९६ डिग्री सेल्सियस) मा चिसो पार्छ।कम तापक्रमको वातावरणले भ्याकुममा अशुद्धताको सामग्रीलाई कम गर्न सक्छ र पातलो फिल्महरू जम्मा गर्नको लागि राम्रो अवस्था प्रदान गर्दछ।तसर्थ, MBE उपकरणहरूको लागि -196 °C तरल नाइट्रोजनको निरन्तर र स्थिर आपूर्ति प्रदान गर्न एक समर्पित तरल नाइट्रोजन शीतलन परिसंचरण प्रणाली आवश्यक छ।